巨蜥是蜥蜴吗？
不是，虽然形态有些接近，但区别很大。 蜥蜴（Reptile）属于冷血动物，有羽毛、鳞或甲，而且身体表面有脊状突起；而巨蜥则是恒温动物，无羽、鳞或甲，身体表面光滑。
蜥蜴的趾间一般都没有蹼；而大多数的巨蜥（例如双孔亚目中的大部分种类）的趾间都有较宽的蹼，部分特化的种类（如蛇鳄蜥）甚至连脚趾本身都会伸缩弯曲。这使其在游泳的时候能够像人类手指并拢伸直一样。另外有些特化种类的四指会缩到第二指的指骨内，形成“三叉戟”一样的结构，可以在水底当触须使用。
除了上述明显可见的差异外，巨蜥和蜥蜴在生理学上也存在许多差别：
① 呼吸方式的不同：一般来说，蜥蜴都是肺呼吸，而巨蜥则是鳃呼吸（但是有些特化类群也是肺呼吸，这个后面会提到）。
② 体温是否恒定：蜥蜴的体温是随着外界环境温度的变化而变化的，叫做变温动物。而巨蜥则是恒温动物，身体产生的热量不会随着外界环境温度的改变而改变。这也导致了它们对环境的适应能力没有蜥蜴强。但也正是因为这样，巨蜥比较“专一”，只喜欢吃活物。
③ 排泄形式不同：蜥蜴的尿经输尿管流入尾部的泄殖腔最后排出体外。而巨蜥的尿液则先经过泄殖腔，然后形成卵黄素，再由雄蜥的交配器将其送入雌性的生殖道中。
④ 性成熟的体形差异：一般情况下，同一物种的成年雄性和雌性的体型是没有明显差别的。但是有些蜥蜴比如鬣蜥，在性成熟时雄性会长出比雌性大的多的附睾，从而产生一个类似于“屁股”的结构。而在巨蜥当中，多数的成体雄性都会比雌性大很多，最大的可以达到3倍以上。这也是区别雄雌最好的标志。